十八世纪至十九世纪期间，在我们可以称之为 "大理石热 "的时期，藏品大量增加，这是淘金热在考古学上的翻版，同样受到无节制的积累欲望的推动。丰富的艺术遗产受到非法挖掘和非法出口的严重威胁，为了保护这些遗产，教皇们建立了新的古代雕像博物馆，如皮奥-克莱门蒂诺博物馆（Museo Pio Clementino）和安东尼奥-卡诺瓦（Antonio Canova）建立的基亚拉蒙蒂博物馆（Museo Chiaramonti）。 此外，还不乏严格的立法：例如，红衣主教帕卡（Pacca）1820 年的法令规定了挖掘例如，红衣主教帕卡（Cardinal Pacca）在 1820 年颁布的法令对考古发掘进行了规范，并保证公共收藏享有对所发现文物的优先购买权。由于这些规定的实施，19 世纪初在伊特鲁里亚南部进行的大规模发掘活动得以顺利进行。为 1837 年开放的格雷戈里伊特鲁里亚博物馆提供了宝贵的资料。 此后不久的 1839 年，随着尼罗河沿岸探险和法国人 Champollion 对象形文字的研究在整个欧洲引起的兴趣，格里高利埃及博物馆也开馆了。
1870 年，梵蒂冈博物馆失去了教皇国的领土管辖权，因此也失去了行使保护约束的可能性，博物馆的主要工作是重新整理几个世纪以来积累的遗产。1932 年落成的现梵蒂冈收藏馆（Pinacoteca）就属于这一阶段。对传教士世界和教会现代布道职能的关注也促使在二十世纪建立了一些特殊的收藏馆，例如传教士-生态博物馆和当代艺术收藏馆。
无论选择哪条路线，梵蒂冈博物馆之行都会以一种壮观的方式结束：穿过一扇小门，就进入了意大利文艺复兴时期绘画的圣殿--西斯廷教堂的宏伟空间。由西斯汀礼拜堂由西克斯图斯四世建造，由 15 世纪下半叶最负盛名的艺术家绘制壁画。
人们的目光在墙上佩鲁吉诺和波提切利绘制的摩西和基督故事的一个又一个场景中如痴如醉，流连忘返。米开朗基罗式的不朽人物壁画，经过最近的修复，又恢复了昔日非凡的彩虹色。遗憾的是，米开朗基罗在《最后的审判》中所画的气势汹汹的基督在《最后的审判》中，米开朗基罗笔下气势汹汹的基督却未能让每天拥挤在这座著名小教堂里的众多游客保持应有的安静。